Eine sportlichere Fahrweise soll die 2016er FJR ihrer Besatzung dank kürzerer Getriebeübersetzung ermöglichen. Gleichzeitig wird die Drehzahl auf der Langstrecke durch einen extra lang übersetzten zusätzlichen sechsten Gang gesenkt.
Die neue Antihopping-Kupplung soll ein Stempeln des Hinterrades beim Herunterschalten und bei starkem Bremsen vermeiden. Um die Kupplungsbedienung komfortabler zu gestalten, wurden Federn mit einer weicheren Federrate verbaut.
Komplett neu ist die LED-Beleuchtung vorn und hinten, die Modelle FJR 1300 AE und AS verfügen zudem über Kurvenlicht.